Fundada a partir del testamento de Juan de Ayala Dávila y Zúñiga de 1615, que dejo todos sus bienes para que se erigiese un convento de recoletos descalzos de la orden franciscana. Dicha disposición testamentaria fue pleiteada durante años por los familiares de Ayala, y por los dominicos de Candelaria, hasta que una bula papal de 1677 determino la titularidad en los citados franciscanos. Entretanto se levantaba un complejo conventual, del que formara parte esta ermita, y cuya fábrica inicial se remonta a 1648 (según consta en una lápida histórica).

En 1821 se suprimieron los conventos, el recinto se hallaba deteriorado y fue subastado. En 1839, convento, tierras e iglesia pasaron a manos privadas.

El 24 de marzo de 2003 se incoa expediente de declaración de Bien de Interés Cultural, con la categoría de monumento, a la Ermita de San Diego.

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https://turismo.aytolalaguna.es/ermita-de-san-diego/