A lo largo de su historia, han sido múltiples las funciones del edificio: convento e iglesia, centro educativo, colegio de internos, primera estación meteorológica y primera biblioteca provincial. Durante la  Guerra Civil fue cárcel de la Falange Española; y después de esto comedor social.

Pero es su carácter educativo lo que ha marcado la historia del inmueble. Ya en 1539 se impartían estudios de latinidad y gramática; en 1821 se instala la Universidad Literaria de San Fernando; y en 1846 se crea el Instituto de Segunda Enseñanza de Canarias, siendo el único de las islas hasta 1916. Desde el curso 1940/41 ha formado parte, de forma consecutiva, del centro de enseñanza secundaria; y en sus aulas se han formado hombres y mujeres relevantes de la escena insular.

El inmueble sufrió alteraciones y añadidos tras la desamortización de 1836. En  1926, el arquitecto Pelayo López realizará nuevos pabellones, con estructura de hormigón, adosados al viejo convento, en su límite por la calle Anchieta; en la década de los 50, el arquitecto Domingo Pisaca, introducirá nuevos cambios. Entre 1993 y 1997, Gobierno de Canarias y Cabildo de Tenerife procedieron a su restauración. Sólo la Iglesia se halla pendiente de rehabilitación, pues un incendio fortuito, acaecido el 2 de junio de 1964, la dejó en estado ruinoso.

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