Un incendio acontecido en 1697 destruye buena parte del inmueble, que se reconstruye y abre al culto en 1700. Por tanto la fábrica del convento en su configuración actual data del siglo XVIII. Posee dos grandes patios siguiendo la tipología característica de los claustros monacales de Canarias, a base de galerías de madera. Además existe un tercer espacio abierto, estrecho y trasero, que sigue las mismas características de los anteriores. En la zona limítrofe a la calle Anchieta está ubicado el llamado Beaterio, conjunto de celdas privadas utilizadas por religiosas profesas.

Del exterior destaca el ajimez o mirador de gusto mudéjar, que data de 1717. Su iglesia es de una sola nave, con presbiterio rectangular, al que se accede por un arco de medio punto. Especial interés artístico posee la cubierta de la capilla mayor, una armadura ochavada de influencia mudéjar. En su almizate, un relieve en talla dorada realizado durante el primer cuarto del siglo XVIII, y en el cual aparecen representados San Francisco y Santa Clara.

El Monasterio de Santa Clara es Bien de Interés Cultural, con la categoría de Monumento, desde el 27 de enero de 1978.

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