La ermita empezó a construirse en 1584 por el Cabildo de Tenerife, en agradecimiento al Santo Patrón, por acabar con las víctimas de la peste bubónica de 1582. El recinto construido incluyó todo el solar dónde se habían enterrado las víctimas de la epidemia. Durante centurias fue el Cabildo quién se ocupó de su dotación y mantenimiento, con épocas de mayor o menor fortuna. En 1862, la iglesia fue cedida a la autoridad militar para que sirviera de hospital con carácter provisional. Ha sido restaurada completamente en 1955.

Con respecto a la Iglesia, se trata de una edificación de una sola nave, cubierta de madera, con capilla mayor. Modernamente se le añadió una capilla lateral del lado del Evangelio.

El 8 de mayo de 2000 se declara la Iglesia, sus bienes muebles vinculados, y el cercano Cementerio de San Juan Bautista, Bien de Interés Cultural, con la categoría de monumento.

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